Năm 2013 Tổng cục đã xử lý các cơ sở vi phạm với số tiền lên đến 46,68 tỷ đồng; đã hoàn thành thanh tra, kiểm tra đối với 636 cơ sở thuộc khu công nghiệp, cụm công nghiệp và cơ sở hoạt động trong lĩnh vực dầu khí, cảng biển, sản xuất giấy, hóa chất, quản lý chất thải nguy hại và trên các lưu vực sông thuộc địa bàn 19 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Đồng thời, đã xử lý và đề nghị xử lý đối với 335 cơ sở vi phạm với số tiền đề nghị xử phạt trung bình lên đến 46.680 triệu đồng. Thành lập 07 đoàn thanh tra, kiểm tra bảo vệ môi trường theo Quyết định số 64/2003/QĐ - TTg của Thủ tướng Chính phủ đối với 47 cơ sở gây ô nhiễm nghiêm trọng trên phạm vi 19 tỉnh/ thành phố trực thuộc Trung ương.

Ngoài ra, Tổng cục cũng lập 33 biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, chuyển cấp có thẩm quyền xử phạt 14 cơ sở với tổng số tiền 558.250.000 đồng và đề nghị cấp có thẩm quyền xử phạt 19 cơ sở với số tiền trên 5 tỷ đồng…

Nhằm tăng cường các hoạt động trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, trong năm 2014, Tổng cục sẽ tập trung vào những nhiệm vụ chính như: nghiên cứu, sửa đổi Luật Bảo vệ Môi trường năm 2005; đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra công tác BVMT; kiên quyết xử lý các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng; tăng cường hậu kiểm, khắc phục tình trạng hình thức trong việc lập và thực hiện báo cáo đánh giá tác động môi trường và triển khai có hiệu quả Chương trình Mục tiêu quốc gia về khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường.